Die Fußnoten landen bei der Beamerklasse normalerweise in der aktuell umgebenden Struktur. Eine Fußnote innerhalb eines Blockes wird damit so umgesetzt, dass sie am unteren Rand des Blocks auftaucht: Unschön, wenn man aus mehreren Blöcken einer Folie auf eine gleiche Fußnote verweisen will. Doch es lässt sich ganz einfach anpassen:
\begin{frame} \begin{block}{titel1} text\footnote[frame]{Fußnotentext} \end{block} \begin{block}{titel2} text2\footnotemark[1] \end{block} \end{frame}